Figlio della dialoghista e direttrice del doppiaggio Novella Marcucci, inizia a doppiare nel 1994, all’età di 4 anni dando la voce ad un coniglietto nel film d’animazione Il settimo fratellino.
Ha dato la voce a Tom Felton nel ruolo di Draco Malfoy in tutti gli otto film della saga di Harry Potter, a Jaime Lorente nella serie tv la casa di carta, a Scott nella serie animata di A tutto reality, ad Hiccup nella serie di Dragon Trainer, a Light Yagami dell’anime Death Note e a Rami Malek in Mr. Robot e The Pacific. La sua voce compare in numerose puntate di The Closer, CSI: Scena del crimine e Medium. Nella serie poliziesca Major Crimes è il doppiatore di Graham Patrick Martin. Doppia il protagonista Gyurka del film Essere senza destino, tratto dal libro del premio Nobel Imre Kertész.
Nel 2005 ha vinto il premio Voce emergente dell’anno attribuito dal pubblico al Gran Galà del Doppiaggio, mentre nel 2009 il premio Voce maschile dell’anno a Romics per The Millionaire.
Flavio Aquilone è anche la voce italiana di Devon Bostick in Diario di una schiappa e negli altri sequel e di Genos in One Punch-Man e di Jean Kirschtein ne L’attacco dei giganti.
Nel luglio 2014 ha vinto con ampio merito il Leggio d’oro per la voce maschile dell’anno.
